protifi產(chǎn)品簡介

ProtiFi 為組學(xué)研究開發(fā)技術(shù)和產(chǎn)品。

組學(xué)是對整個生物分子群體的分析，通常是一類特定的生物分子。它包括基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)、糖組學(xué)、代謝組學(xué)和脂質(zhì)組學(xué)等領(lǐng)域。組學(xué)技術(shù)產(chǎn)生關(guān)于健康和疾病狀態(tài)的大量細節(jié)，并將支持個性化醫(yī)療。然而，將研發(fā)組學(xué)轉(zhuǎn)化為臨床相關(guān)性仍然很困難。具體而言，由于樣本處理不當(dāng)、缺乏真正的多組學(xué)分析和數(shù)據(jù)分析軟件的局限性，進展受到阻礙。只有解決這些問題，組學(xué)才能產(chǎn)生可??操作的生物學(xué)見解，如診斷。 
 
樣品制備一直是導(dǎo)致整體組學(xué)數(shù)據(jù)變異的最大因素。 不正確的樣品制備會顯著降低靈敏度并導(dǎo)致較大的觀察偏差。此外，傳統(tǒng)的樣品制備包括破壞除正在研究的分子以外的所有分子類別，*排除了真正的多組學(xué)方法。然而，疾病的標(biāo)記存在于每一類生物分子中。因此，全面了解生物狀態(tài)需要標(biāo)準(zhǔn)的多組學(xué)樣品制備方法。

多組學(xué)帶來了自己的挑戰(zhàn)。當(dāng)前的計算工具通常是為一類特定的生物分子設(shè)計的。工具經(jīng)常使用非理想的統(tǒng)計數(shù)據(jù)并且無法報告結(jié)果的可信度。重要的是，可用的工具是為組學(xué)專家設(shè)計的，而不是為醫(yī)學(xué)和生物學(xué)研究人員等最終用戶設(shè)計的，他們的特定領(lǐng)域?qū)I(yè)知識對于最大限度地理解和洞察至關(guān)重要。

ProtiFi 開發(fā)了多種技術(shù)和產(chǎn)品來應(yīng)對這些挑戰(zhàn)并將組學(xué)研究推向臨床應(yīng)用：

(1)  S-Trap用于快速、可重復(fù)的蛋白質(zhì)組學(xué)樣品制備
(2) Si-Trap用于高效同時處理多組學(xué)中的單個樣品
(3) Tryp-N，一種蛋白酶，可在更好的條件下提供更清晰的 MS/MS 譜圖檢測極限
(4) SimpliFi ，數(shù)據(jù)可視化軟件，使研究人員能夠輕松探索他們的數(shù)據(jù)及其含義

蛋白質(zhì)組學(xué)是研究蛋白質(zhì)群體的科學(xué)，蛋白質(zhì)是細胞的主力。蛋白質(zhì)是高度動態(tài)的，會根據(jù)細胞類型、年齡和健康狀況而變化。這些蛋白質(zhì)表達的狀態(tài)依賴性變化產(chǎn)生了關(guān)于生物體當(dāng)前狀況的信息寶庫。因此，蛋白質(zhì)組學(xué)可用于廣泛的研究。例子包括疾病及其進展的檢測、藥物反應(yīng)、食物的特性和質(zhì)量、感染狀態(tài)和微生物腸道健康，以及許多其他問題。盡管這種深入的知識具有巨大的潛力，但蛋白質(zhì)組學(xué)一直受到樣品制備、樣品重現(xiàn)性、靈敏度和數(shù)據(jù)分析方面的問題的阻礙。ProtiFi 針對這些問題開發(fā)并商業(yè)化了解決方案。

S-Trap ™

S-Trap 是一種易于使用的樣品制備系統(tǒng)，即使是新手也能以自動化格式提供簡單性和重現(xiàn)性。S-Trap 是通用的：它可以處理從純血清到復(fù)雜樣品（例如食物、糞便、痰液或聚合物污染的生物反應(yīng)器上清液）的所有樣品。

 

Tryp-N ™

Tryp-N 是一種工程蛋白酶，可提供簡化的光譜并提高 MRM 檢測的靈敏度。

 

SimpliFi ™

SimpliFi 是將難以捉摸的數(shù)據(jù)提煉成科學(xué)意義的軟件；它非常直觀和直接，即使是蛋白質(zhì)組學(xué)的新手也可以進行組學(xué)數(shù)據(jù)分析。SimpliFi 采用可靠的統(tǒng)計數(shù)據(jù)，不會做出錯誤假設(shè)，以可靠地返回您可以信賴的結(jié)果。

S-Trap ™樣品處理技術(shù)是方便的離心柱或可自動化的 96 孔板，能夠在蛋白質(zhì)組學(xué)樣品制備中使用 SDS。SDS 是一種幾乎通用的蛋白質(zhì)溶劑，它甚至可以溶解溶解性差的分子，如膜蛋白，這些分子通常以顆粒形式丟棄。S-Trap ™樣品處理開始于樣品裂解和溶解在 5% SDS 中。蛋白質(zhì)通過酸化至 pH < 1 并隨后暴露于高濃度甲醇而進一步變性。這種三階段變性確保*破壞不需要的酶活性，如蛋白酶和磷酸酶，并最大限度地提高下游消化的效率。還原和烷基化可以在 5% SDS 中進行，防止沉淀，或者在變性蛋白質(zhì)被捕獲后在柱上進行。

變性、未消化的蛋白質(zhì)通過離心、正壓或真空與 S-Trap 結(jié)合。多重弱親和力相互作用將未消化的蛋白質(zhì)保留在衍生化二氧化硅 S-Trap 的孔中。捕獲的蛋白質(zhì)具有最大的表面積，允許它們在幾分鐘內(nèi)*洗掉所有污染物：去污劑、PEG、甘油、去污劑、鹽、Laemmli 上樣緩沖液等

。添加您選擇的蛋白酶后，物理限制在陷阱的亞微米孔迫使底物和蛋白酶相互作用以產(chǎn)生快速消化。捕集阱對消化后洗脫的肽沒有親和力。

S-Traps 可用作離心柱、96 孔板或帶有預(yù)制緩沖液的完整試劑盒，以方便、縮短準(zhǔn)備時間和一定程度地重現(xiàn)。96 孔板與多個自動化平臺兼容，包括 Tecan A200 正壓工作站和 Agilent Bravo。

Tryp-N ™是冷泉港實驗室 (CSHL) 設(shè)計的一種嗜熱金屬蛋白酶，對精氨酸和賴氨酸具有 N 端特異性。Tryp-N ™通過產(chǎn)生肽的基本中心——K/R 的氨基末端和側(cè)鏈——位于一起以產(chǎn)生以 b 離子為主的光譜，從而提供清晰的光譜和更高的靈敏度。Tryp-N 已被證明可產(chǎn)生簡化的 MS/MS 碎裂并具有最佳的蛋白水解活性。¹ Tryp-N 譜圖提供互補的離子系列以補充胰蛋白酶，使您能夠更輕松地找到并具體定位 PTM。PTM 的 PTM 識別和定位，例如 YST 簇中的磷酸化，以及從頭測序。此外，由于離子電流在 MRM 分析的碎裂過程中保留在 b 離子上，而不是在胰蛋白酶肽的兩個帶電末端之間被稀釋，因此靈敏度通常會提高。

作為一種嗜熱酶，消化可以在幾分鐘到幾小時內(nèi)完成，而不是一夜之間。添加 EDTA 以實現(xiàn)可重現(xiàn)的部分消化并增加序列覆蓋率，可以輕松控制消化。Tryp-N ™裂解不受脯氨酸或賴氨酸甲基化的影響。在更高的溫度下——T opt為 65 °C——蛋白質(zhì)會變性，有助于分析難以消化的蛋白質(zhì)。Tryp-N ™在各種實驗條件下都非常穩(wěn)定，包括 pH (5-11)、緩沖液、離子強度和去污劑。在更高的溫度下，內(nèi)源性酶會變性并失去活性，這是處理討厭的磷酸酶和蛋白酶的有用方法。

Tryp-N 蛋白酶的速度、特異性、易用性和整體有效性，再加上其提供更多可解釋光譜的能力，使其成為蛋白質(zhì)組學(xué)工具包的重要組成部分。

SimpliFi 是一個可通過瀏覽器訪問的在線平臺，可將組學(xué)數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)化為生物學(xué)理解。所有技能水平的用戶都可以探索和可視化他們的數(shù)據(jù)，以了解生物狀態(tài)并形成假設(shè)。SimpliFi 接受并整合來自任何方法（蛋白質(zhì)組學(xué)、脂質(zhì)組學(xué)、代謝組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)等）的各種量化組學(xué)數(shù)據(jù)，并將數(shù)據(jù)提煉成干凈、交互式的豐富差異表達通路、GO 富集、細胞標(biāo)記、蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)的顯示和分子水平的分類。UniProt 和 ChEBI 標(biāo)識符產(chǎn)生最多的效用，只需單擊鼠標(biāo)右鍵即可導(dǎo)出所有結(jié)果。

SimpliFi *采用非參數(shù)統(tǒng)計和重采樣方法，對生物重復(fù)的生物變異進行建模，并將觀察到的差異解釋為生物變異、樣本和觀察數(shù)量以及測量誤差的函數(shù)。這種方法正確地解決了非高斯生物學(xué)分布和組學(xué)測量的強度依賴性：1 對 2 計數(shù)與 1000 對 2000 計數(shù)不同。SimpliFi 使用引導(dǎo)和重采樣方法來始終計算和顯示 p 值和折疊變化的置信區(qū)間。允許并考慮缺失值。SimpliFi 還提供標(biāo)準(zhǔn)統(tǒng)計檢驗（t 檢驗、Wilcoxon、重采樣）并強制執(zhí)行批次控制和異常值分析（Pearson 相關(guān)性、PCA、層次聚類），然后再啟用進一步的數(shù)據(jù)可視化、探索或分析。如果檢測到批次、運行順序影響或異常值，用戶會收到警告。 

SimpliFi 在 GPU 上運行以促進對大型數(shù)據(jù)集的分析。

protifi產(chǎn)品貨號如下：

貨號	品名	規(guī)格
C02-96well-1	96-well S-Trap™ plate (100 – 300 μg per well)	1 plate
C02-midi-10	S-Trap™ midi columns (≥ 300 μg)	10 Pack
C02-mini-10	S-Trap™ mini columns (100 - 300 μg)	10 Pack
K01-10	Tryp-N™ Kit	10 μg
C02-micro-10	S-Trap™ micro columns (≤ 100 μg)	10 Pack
K02-mini-10	S-Trap™ mini kit (10x 100 – 300 μg)	10 Pack
K02-micr0-10	S-Trap™ micro kit (10x ≤ 100 μg)	10 Pack