pacbio NB-900-601-01說(shuō)明書

Nanobind UL library prep kit

產(chǎn)品詳細(xì)信息
高通量和超長(zhǎng)讀取（100kb–1+Mb）現(xiàn)在齊頭并進(jìn)，使用Nanobind超長(zhǎng)測(cè)序可以成為您實(shí)驗(yàn)室的常客。該方法已用于生成長(zhǎng)的測(cè)序數(shù)據(jù)。我們?cè)?020年1月以2.44 Mb的讀取量打破了之前的2.3 Mb記錄。幾個(gè)月后，我們以2.9 Mb的讀取量打破了這一記錄。最近，Oxford Nanopore以4.1 Mb的讀取量打破了我們的記錄。
任何地方*高的讀取長(zhǎng)度和吞吐量組合
與以前的超長(zhǎng)測(cè)序方法相比，這種新方法產(chǎn)生的吞吐量提高了10–100倍。在多種樣本類型中，持續(xù)獲得1–2+Mb的最長(zhǎng)讀取，50–100+kb的讀取長(zhǎng)度N50，MinION上的吞吐量為10–20+Gb，PromethION上的產(chǎn)量為50–100+Gb。
該方法旨在大化100+kb和200+kb讀取中的數(shù)據(jù)量。雖然該方法可用于生成超過(guò)200kb的讀取長(zhǎng)度N50，但超長(zhǎng)數(shù)據(jù)吞吐量實(shí)際上是最大的，讀取長(zhǎng)度更適中，N50為50–100kb。秘訣是保持高孔隙占有率。
方法
首先，使用合適的納米結(jié)合試劑盒（CBB、植物細(xì)胞核或組織）提取UHMW（50kb–1+Mb）DNA。我們開發(fā)了全新的超高分子量DNA提取協(xié)議，可減少DNA的粘性，提高測(cè)序吞吐量，甚至延長(zhǎng)讀取長(zhǎng)度。每個(gè)Nanobind UL文庫(kù)制備試劑盒都配有UHMW DNA輔助試劑盒，該試劑盒與適當(dāng)?shù)腘anobind試劑盒一起用于UHMW DNA提取。
然后，納米結(jié)合UL文庫(kù)制備試劑盒與牛津納米孔超長(zhǎng)DNA測(cè)序試劑盒（SQK-ULK001）一起使用，以制備用于測(cè)序的UHMW DNA。基于轉(zhuǎn)座酶的方法用于將測(cè)序適配器和運(yùn)動(dòng)蛋白添加到UHMW DNA中。ONT試劑盒包含所有酶和試劑。我們的試劑盒包含Nanobind盤和緩沖液，用于進(jìn)行反應(yīng)清理。與磁性粒子不同，我們的磁性納米結(jié)合盤能夠在不剪切的情況下快速純化大堿基DNA，首先在提取中，然后在文庫(kù)制備中。
與其他超長(zhǎng)測(cè)序方法相比，這種新方法不使用快速測(cè)序試劑盒（SQK-RAD004）。與Oxford Nanopore合作，對(duì)提取、文庫(kù)制備和測(cè)序進(jìn)行了初步優(yōu)化，以實(shí)現(xiàn)高通量增加的高孔隙占有率。它與MinION、GridION和PromethION兼容，對(duì)核酸酶沖洗反應(yīng)良好。
標(biāo)準(zhǔn)Nanobind超長(zhǎng)測(cè)序方案生成一個(gè)6X MinION文庫(kù)或一個(gè)3x PromethION文庫(kù)，該文庫(kù)被拆分并順序加載到同一個(gè)流動(dòng)細(xì)胞上，通過(guò)核酸酶沖洗進(jìn)行間隔，以大化吞吐量（每個(gè)流動(dòng)細(xì)胞3次加載，每個(gè)24小時(shí)）。MinION/GridION/PromethION使用相同的協(xié)議。
該方案最初是在培養(yǎng)的細(xì)胞、細(xì)菌、人類血液和有核血液樣本上開發(fā)的。從那時(shí)起，它已擴(kuò)展到動(dòng)物組織和植物樣本。目前正在改進(jìn)讀取長(zhǎng)度并進(jìn)一步擴(kuò)展樣本類型。
包括：
1.NAF無(wú)醇結(jié)合緩沖液
2.WAF無(wú)醇洗滌緩沖液
3.EB+洗脫緩沖液
4、6個(gè)Nanobind磁盤
每個(gè)試劑盒可用于使用3X個(gè)庫(kù)運(yùn)行6個(gè)流動(dòng)池。
還包括UHMW DNA輔助試劑盒，該試劑盒與適當(dāng)?shù)腘anobind試劑盒結(jié)合使用，以進(jìn)行UHMW DNA提取。每個(gè)輔助套件包含：
1.10X RBC裂解緩沖液
2.蛋白酶K
3.核糖核酸酶A
4.CLE3消化緩沖液
5.ULL裂解/結(jié)合緩沖液
6.CS消化補(bǔ)充劑
協(xié)議
Nanobind UL文庫(kù)制備試劑盒手冊(cè)
圖書館準(zhǔn)備-超長(zhǎng)測(cè)序協(xié)議
有關(guān)完整列表，請(qǐng)參閱Nanobind支持頁(yè)面。
Oxford Nanopore的超長(zhǎng)文庫(kù)制備方案可在此處獲得。處理步驟與我們的步驟相同，但它包含加載/沖洗的額外指導(dǎo)，而樣本準(zhǔn)備的指導(dǎo)更少。